Từ ngày 23 đến ngày 25 tháng 12 năm 1999, Hội nghị khoa học toàn quốc lần I về ứng dụng toán học, do Hội Toán học Việt Nam và Bộ Công nghiệp đồng tổ chức, đã được tiến hành tại trường Ðại học Bách khoa Hà Nội. Mục tiêu chủ yếu của Hội nghị là tổng kết các thành tựu ứng dụng toán từ hơn 30 năm qua trong các nghành khoa học, kinh tế xã hội và phương hướng nghiên cứu, triển khai trong tương lai. Hội nghị là diễn đàn gặp gỡ, trao đổi khoa học nhằm tăng cường mối giao lưu và quan hệ hợp tác giữa các nhà toán học với cộng đồng các nhà khoa học và quản lý trong công cuộc hiện đại hoá nền khoa học và kinh tế nước nhà. Về dự Hội nghị có hơn 300 đại biểu là các nhà khoa học từ nhiều miền đất nước, thuộc nhiều chuyên môn khác nhau, đại diện nhiều cơ quan quản lý của các bộ, các ngành, các tổng công ty và doanh nghiệp sản xuất kinh doanh.
Sau thành công của Hội nghị, vào buổi chiều ngày 25/12/1999, ngày thứ bẩy cuối cùng của năm 1999, Ban Vận động thành lập Hội ứng dụng toán học Việt Nam đã triệu tập Ðại hội lần thứ nhất của Hội, tổ chức chính trị xã hội và là thành viên tập thể của Hội Toán học Việt Nam. Mục tiêu của Hội là đoàn kết gắn bó các nhà khoa học, các chuyên gia kinh tế, quản lý và công nghệ thiết tha với sự nghiệp nâng cao dân trí, ứng dụng toán học, chấn hưng kinh tế và xã hội. Hội có trách nhiệm tạo điều kiện giúp đỡ, hỗ trợ các hoạt động nghiên cứu ứng dụng toán học vào các nghành, cơ quan và các tổ chức xã hội khác, đẩy mạnh các hoạt động đối ngoại song phương và đa phương nhằm tạo ra môi trường tiếp thu và chuyển giao các công nghệ và thành tựu mới nhất của toán học ứng dụng thế giới.
Ðại hội thành lập Hội gồm 224 đại biểu sáng lập viên đã tập trung thảo luận báo cáo của Ban Vận động cũng như bàn các biện pháp tăng cường hiệu quả của hoạt động ứng dụng toán học. Ðại hội đã bầu ra Ban chấp hành Hội ứng dụng toán học Việt Nam gồm 35 người là đại diện của các cơ quan nghiên cứu, giảng dạy, các tổ chức kinh tế, xã hội và giao cho Ban chấp hành tiếp thu ý kiến các đại biểu để hoàn chỉnh Quy chế hoạt động cuả Hội để làm Ðiều lệ Hội trong tương lai.